אתר מגדלא (מגדל העתיקה) כולל שרידי כפר דייגים יהודי ששכן לחוף הכנרת לפני כאלפיים שנה. המקום קדוש לנוצרים בגלל אמונתם שמרים המגדלית (מריה מגדלנה), מתומכותיו הבולטות של ישו הנוצרי, חייתה במקום זה. לפי האמונה הנוצרית, היא זו שטיפלה בגופת ישו לאחר שהורד מהצלב, ויחד עם אימו של ישו התבשרה על תחייתו. במהלך חפירות ארכיאולוגיות לקראת הקמתו של מתחם כנסייתי, נחשפו בשנת 2009 שרידי בית כנסת עתיק, מהמאה הראשונה לספירה, הנחשב לבית הכנסת הקדום ביותר שהתגלה בגליל – התקיים עוד לפני חורבן בית המקדש השני.
כתוצאה מהממצאים הייחודיים, בוצע שינוי בתוכניות הבנייה, כך שהאתר משלב כיום פארק ארכיאולוגי ולצידו מרכז כנסייתי מפואר.